متداولترین و شایعترین خطر سلامتی مرتبط با آب آشامیدنی، آلودگی مستقیم یا غیر مستقیم آب آشامیدنی با فضولات انسانها یا حیوانات و میکروارگانیسمهای موجود در مدفوع است. نوشیدن چنین آب آلوده ای یا استفاده از آن برای پخت غذا می تواند مولد موارد جدید بیماریهای عفونی باشد.
ورود و اختلاط مواد شیمیایی معدنی و آلی به آب آشامیدنی همیشه نگران کننده است. زیرا بسیاری از مواد شیمیایی برای بدن انسان سمی بوده و آشامیدن آب آلوده به آنها آثار کوتاه مدت مسمومیت را به دنبال دارد. نوشیدن آب آلوده به برخی مواد شیمیایی نیز در بلند مدت منجر به بروز بیماریهای مختلف نظیر انواع سرطانها می شود.